În anul 2003, determinaţi de schimbările economice care aveau loc în judeţul Călăraşi, în cadrul Muzeului Dunării de Jos se reînfiinţează Serviciul Arheologie.
Activitatea secţiei se axează în principal pe cercetarea arheologică preventivă şi sistematică, de salvare şi de teren, supravegherea arheologică, organizarea de manifestări cu specific arheologic (expoziţii, simpozioane, comunicări etc), concretizată într-un patrimoniu arheologic bogat, conţinând peste
55. 000 de piese.
Activitatea de cercetare arheologică s-a desfăşurat de-a lungul timpului pe mai multe şantiere, dintre care menţionăm: Grădiştea Coslogeni, Gălăţui – Movila Berzei, Piscu Crăsani, Durostorum, Păcuiul lui Soare , Cuneşti, Lunca-La Grădini, Căscioarele, Măriuţa – La Movilă, Sultana – Malu Roşu, ş.a.
Încă de la înfiinţarea sa, Serviciul Arheologie a participat activ la supravegherea arheologică a zonelor cu potenţial arheologic unde au avut loc lucrări de construire, modificare, extindere sau reparare privind căi de comunicaţie, dotări edilitare, construcţia de reţele magistrale, amenajări pentru îmbunătăţiri funciare, reţele de telecomunicaţii, precum şi alte lucrări care afectează suprafaţa solului, indiferent dacă se execută în intravilanul sau extravilanul localităţilor şi indiferent de forma de proprietate a terenului.
Începând cu data de 30.05.2012 Muzeul Dunării de Jos beneficiază de un spaţiu expoziţional nou, cu o suprafaţă de cca. 400 mp, situat la demisolul Centrului Judeţean de Cultură şi Administraţie “Barbu Ştirbei” Călăraşi.
În acest spaţiu modern sunt expuse marelui public o serie de piese arheologice din cele mai vechi timpuri şi până în epoca romană descoperite pe teritoriul judeţului Călăraşi şi în zona Dunării. Remarcăm expunerea unor tezaure monetare precum cele descoperite la Rasa (tetradrahme de tip Filip II şi Alexandru cel Mare), Boşneagu (tetradrahme thasiene, Jegălia (denari romani republicani), Bora (secolul XVI), monede de aur bizantine, monede din argint medievale din Europa Centrală şi Imperiul otoman.